El ganador de cada grupo, junto con los cuatro mejores segundos, clasificarán a la siguiente fase.

La Copa Colombia de 2016 tendrá varias modificaciones sustanciales en relación con las ediciones anteriores.

Los equipos ubicados del Bolillero 1 serán los que ganaron su grupo en la fase anterior.

Los emparejamientos de Octavos de final serán definidos en un sorteo una vez finalizada la primera fase del torneo, donde los ocho equipos que ganaron su grupo en la fase anterior se cruzarán con los otros ocho clasificados (cuatro mejores segundos y cuatro preclasificados).

Arango Cabrera Rivera Córdoba Briceño Ceballos SánchezNarváez Pérez Domínguez Toloza Escalante