Tras ser expulsado junto con su familia y correligionarios en 1829 por Francisco Morazán regresó a Guatemala tras el triunfo del general Rafael Carrera en donde dejó los asuntos políticos del Clan Aycinena en manos de Juan José de Aycinena y Piñol.[4] De esta forma se inició una guerra civil en la región, ya que los criollos liberales no querían que el Clan Aycinena siguiera en el poder; de la guerra civil emergió la figura dominante del general hondureño Francisco Morazán.Como miembro del partido conservador, restituyó los diezmos obligatorios para la clero secular de la Iglesia Católica.[6] Como el sitio se prolongaba, hubo quejas en Guatemala sobre la situación y el gobierno nombró a Manuel Francisco Pavón Aycinena como comisionado del gobierno para negociara la paz con José Matías Delgado, comisionado salvadoreño, en la casa de un ciudadano de apellido Esquibel; Pavón y Aycinena llegó a Mejicanos en mayo e inició las pláticas en junio de 1828.[9] Aycinena, al ver que no conseguía una solución pacífica, escribió a sus conciudadanos: «Con el mayor sentimiento, me veo en la necesidad de anunciaros: que todos los esfuerzos del supremo gobierno nacional, y de las autoridades del Estado, por el restablecimiento de la paz, han sido inútiles: los que llevan la voz y se han apoderado del mando en S. Salvador, tienen interés en prolongar la guerra; porque ella sirve á sus miras personales, y les importa muy poco la suerte de los pueblos.Las operaciones militares en la capital comenzaron con pequeñas escaramuzas en frente de las fortificaciones del gobierno.[9] Morazán estaba decidido a acabar con la hegemonía de los aristócratas y eclesiásticos guatemaltecos, no aceptó ningún trato.Rafael Carrera trajo al Clan Aycinena de vuelta a Guatemala.Marzo 19: Francisco Morazán llegó a Ciudad de Guatemala y la atacó con más de 1500 soldados (los 1000 anteriores ya habían sido disueltos y los 1500 fueron reclutados), los generales de Guatemala durante la batalla fueron Rafael Carrera y Mariano de Aycinena, Rafael Carrera hizo que solo estuvieran a vista 400 soldados, cuando en realidad eran 1,000 (los otros 600 estaban escondidos en los barrancos), entonces Francisco Morazán atacó y logró derrotar a muchos, pero los otros 600 atacaron de sorpresa y lograron derrotar a Francisco Morazán dejándolo con mínimo unos 800 soldados.El 26 de abril, desde su prisión, Aycinena dirigió una carta a Morazán, en la que protestaba por la ruptura del pacto.[14] Regresó a Guatemala con el triunfo del general Rafael Carrera en 1840 pero se retiró de la política, dejando el control del Clan Aycinena a Juan José de Aycinena y Piñol.
Firma del acta de independencia el 15 de septiembre de 1821. Mariano de Aycinena aparece sentado al centro de la pintura de Rafael Beltranena.
Manuel José Arce, como el primer presidente de la república federal. Litografía ubicada en el antiguo palacio presidencial de San Salvador, El Salvador.
Mapa de Guatemala durante la guerra civil de 1829. Obsérvese las fronteras no delimitidas con México en Yucatán y Chiapas.
[
13
]
Parque Central de la ciudad de
Antigua Guatemala
durante la guerra civil de 1829. Obsérvese que el antiguo
Palacio de la Capitanía General
estaba destruido y que sus columnas se habían resguardado en las construcciones provisionales que se observan en el grabado.
