El maestro permaneció en el cargo en Segorbe hasta 1630, fecha en la que se trasladó a Valencia, para ejercer como capellán primer contralto del Real Colegio del Corpus Christi en Valencia.
Este Marcos Pérez se documenta por primera vez en 1622 en un recibo, «Marcos Pérez ingresó muy joven en la Capilla del Corpus Christi.
En 18 de agosto de 1622 la hizo merced el Colegio de tres libras para que se comprara un vestido nuevo.» Ese Pérez es distinto del Marcos Pérez que se trata aquí, que aparece en las actas capitulares a partir de 1630 como contralto capellán primero y al que se refieren como «Marcos», para distinguirlo del «Pérez» anterior.
Sin embargo, su interinidad llamó la atención de los visitadores en 1661, que ordenaron la realización de unas oposiciones para ocupar el cargo de forma oficial: «que dentro de veinte días se pongan edictos en los lugares, y con los términos dispuestos en la Constitución y se provea dicha plaza en propiedad y que no se gobierne por sustitución, como hasta aquí».
[3] En Valencia, en el Real Colegio del Corpus Christi, se conservan cuatro obras suyas, de las que el musicólogo José Climent menciona que:[2]