Se integró a las inferiores de Universidad Católica, destacando en la categoría sub-19 dirigida por Andrés Romero.
[9][10] En febrero de 2021, se celebró su primer título nacional con Universidad Católica al ganar el campeonato Primera División 2020.
[19] También con la institución se coronó tetracampeón del torneo nacional, tras ganar las ediciones 2018, 2019, 2020 y 2021, Nuñez formó parte de los últimos dos torneos y esta nueva estrella se convirtió en su cuarto título con la franja.
[20][21] Tras un buen desempeñó en 2021, al finalizar el torneo nacional, Nuñez extendió su vínculo con la institución hasta 2024.
[22] Durante la temporada 2022, continuó siendo titular con el club, en junio de ese año, disputó su primer encuentro por Copa Chile anotando un gol y marcando una asistencia para eliminar a Unión San Felipe de la competencia.
El 9 de septiembre de 2021, Núñez debutó por la selección chilena, al ingresar al entretiempo en el partido que enfrentó a Colombia, cuyo encuentro terminó en una derrota por 3 goles a 1.
[34] Posteriormente debutó como titular el 7 de octubre del mismo año, ante Perú, perdiendo por 2 a 0.