Debido a su prematura muerte, la educación de Juana cubrió solo una fase de las dos que María Teresa había creado para sus hijos: estudió Lectura, Escritura, Latín, Francés, Italiano, Griego, Español, Alemán, Inglés, Historia, Geografía, Agrimensura, Arquitectura Militar, Matemáticas, Música, Danza y Gimnasia, así como Estudios Religiosos desde los tres años.
En la segunda mitad del siglo XVIII, la viruela asolaba el Sacro Imperio Romano Germánico.
Para dar un buen ejemplo, la Emperatriz ordenó la inoculación de todos sus hijos restantes.
Aunque sin incidentes para los demás niños, María Juana enfermó tras la inoculación y murió poco después.
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