Luisa Augusta era oficialmente el segundo vástago del rey Cristián VII de Dinamarca y de la princesa inglesa Carolina Matilde de Gran Bretaña; pero lo más probable y difundido es que su verdadero padre fuera el alemán Johan Friedrich Struensee,[2] médico de Cristián VII, y amante de su madre.A efectos prácticos se la siguió considerando sin embargo como un miembro legítimo de la familia real.Luisa Augusta y su hermano mayor, el futuro Federico VI de Dinamarca crecieron muy unidos Desde su infancia se fueron desarrollando a su entorno diversos proyectos de matrimonio, todos los cuales coincidían en la suma importancia de que el consorte elegido fuera un príncipe de la Casa real danesa, visto que sobre la novia recaía la sospecha de no ser hija del rey, y que un posible hijo suyo podría llegar a ser algún día el heredero al trono de Dinamarca.El elegido fue un primo lejano, el príncipe heredero de Augustenburgo.El 27 de mayo de 1786 con 14 años de edad se celebró su matrimonio con el príncipe Federico Cristián II de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg, coronándose con esto una hábil jugada del ministro Andreas Peter Bernstorff.
