Quedó en Buenos Aires, y desde allí pasó a Corrientes, donde medió exitosamente en la primera revolución del general Nicanor Cáceres contra el gobernador Juan Gregorio Pujol.

El gobernador delegado, Juan de Dios Videla, intentó ser reconocido por los invasores, pero el auditor Domingo Faustino Sarmiento había decidido expulsar a todos los federales.

[2]​ Poco después hizo elegir una nueva legislatura, formada exclusivamente por unitarios; en cuanto asumió, ésta sancionó un manifiesto, por el cual la provincia reasumía la soberanía interior y exterior, ordenaba el retiro de los diputados y senadores del Congreso de la Confederación Argentina —que llevaba tres meses disuelto— y en el mismo acto concedía la autoridad nacional al gobernador porteño Bartolomé Mitre.

Clavero decidió entonces regresar a Mendoza, iniciando en ésta una guerra civil que hasta ese momento había estado ausente de esa provincia.

[3]​ Superado el trance, con su salud quebrantada y una oposición en ascenso, Molina envió su renuncia a la legislatura, que no la respondió.