En 1942 apoya el "Golpe bueno" del presidente Alfredo Baldomir y en las elecciones de ese mismo año es reelecto como diputado.Encabezó el período histórico conocido como "neobatllismo", caracterizado por un nuevo empuje de las ideas centrales del batllismo, que Batlle Berres llevó adelante con nuevas formas de acción como la implementación del modelo ISI, también puesto en marcha en otros países latinoamericanos.[3][6] Posteriormente en 1925 se batió con Raúl Jude, a pistola, con 30 pasos, tres tiros pactados y apuntando.Para mantener a su familia, trabaja en el diario La Razón, firmando sus artículos como "Conrado López".Hay otras versiones, desde que la oposición de los hermanos Batlle Pacheco no era tan radical y que proponer en cambio a su primo a la vicepresidencia no era una forma de sacarle influencia política.[3] Finalmente, tras varias negociaciones la fórmula presidencial del batllismo resultó ser Tomás Berreta - Luis Batlle Berres.Berreta era un agricultor veterano e histórico líder batllista del departamento de Canelones.[12][13] Debido al regreso del batllismo al poder tras varias décadas, a este período histórico que va desde la asunción de Berreta hasta la victoria electoral del Partido Nacional en las elecciones de 1958, se le conoce como "neobatllismo"[14] (concepto introducido por el historiador German D'Elía)[15].Sin embargo, cinco meses después, Berreta tuvo que ser intervenido quirúrgicamente debido a un cáncer de estómago con metástasis en la columna vertebral.Sin embargo, la ceremonia formal de asunción sucedió el 14 de agosto, allí Batlle ofreció un discurso en el que anunció su perspectiva reformista:[18]"La humanidad está viviendo una violenta revolución social y política que convulsiona a todos los pueblos.[22] La lista 15 fue absorbiendo a grupos menores, como Doctrina y Acción de Antonio Rubio, o Avanzar, en cuyas filas militaba Alba Roballo.[18]Además, alrededor de su liderazgo destacaron un grupo de entusiastas militantes jóvenes conocido como los jóvenes turcos: Zelmar Michelini, Teófilo Collazo, Norberto Sanguinetti, Manuel Flores Mora, Glauco Segovia, Tabaré Hackenbruch, Julio María Sanguinetti, entre otros.[15] Propició una política exterior de alineamiento con los Estados Unidos y se destacan las tensiones con la Argentina gobernada por Juan Domingo Perón.[43]En 1955 Juan Domingo Perón amenazó con bombardear la antena de radio Carve en Montevideo si ésta no cesaba su apoyo a aquellos que promovían el derrocamiento del presidente argentino.[18][46] La respuesta favorable de Herrera resultó en una sorpresa, dando un giro respecto a su tradicional postura anticolegialista.Una comisión compuesta por delegados batllista y herreristas redactó un proyecto de reforma en tiempo récord.El nacionalismo independiente apoyó con reservas la propuesta y solo se opusieron los partidos menores.En esa misma fecha se instaló el primer Consejo Nacional de Gobierno, presidido por Andrés Martínez Trueba.Por la minoría blanca ingresaron Luis Alberto de Herrera, Ramón Viña y Daniel Fernández Crespo.Luis Batlle Berres diría años más tarde: "fuimos obligados a mendigar el acuerdo de los colorados para poder gobernar".Fragmento de su discurso inaugural como presidente del Consejo:[49]"Puedo asegurarles a los señores legisladores que será función principalísima del Poder Ejecutivo garantizar todas las libertades, proteger todos los derechos y hacer cumplir fielmente la Constitución y las leyes dictadas por el Parlamento.En el año 1956 hubo doce interpelaciones y catorce en 1957, provocando la caída de múltiples ministros como Santiago Rompani, Francisco Gamarra, Juan Rodríguez Correa, Fermín Sorhueta o Héctor Grauert.[52] Para las elecciones generales de 1958 la lista 15 y la lista 14 nuevamente se presentaron de forma separada, con la 15 presentando como primeros tres titulares al Consejo a Manuel Rodríguez Correa, Ledo Arroyo Torres y Héctor Grauert.Además, el Partido perdió en todos los departamentos menos en Artigas, por lo que la lista 15 no pudo retener la intendencia de Montevideo, donde Batlle se había postulado como candidato al Concejo Departamental.[6] Batlle aseguró la estabilidad institucional en esta primera experiencia de alternancia efectiva del poder en un siglo.[6][12] En estos últimos años Batlle vio deteriorada su salud, sufriendo de infartos en 1959 y en 1960.Para las elecciones de 1962 hizo campaña acusando al Partido Nacional de haber engañado a la ciudadanía y un mes antes de la elección la lista 15 realizó un acuerdo programático, pero no electoral, con la ascendente fracción colorada conocida como "Unión Colorada y Batllista" (UCB) liderada por el general Oscar Gestido, que había absorbido a la lista 14.Pero la polarización con el gobierno y la búsqueda de acuerdos dentro del Partido Colorado no alcanzaron para evitar una nueva derrota electoral, esta vez por un margen mucho más ajustado y con la lista 15 reconquistando la intendencia de Montevideo.[8] En 1967 se inauguró un monumento en homenaje a Batlle Berres, obra del arquitecto Román Fresnedo Siri, ubicado en la plaza donde el Bulevar General José Artigas dobla en ángulo recto.[54][55] En el texto que acompaña los recaudos gráficos del proyecto se manifiesta que el monumento expresa "la aspiración de Batlle hacia un mejoramiento de las condiciones espirituales y materiales del pueblo uruguayo.