Gracias a su protección, el joven artista consiguió importantes encargos en diversas iglesias boloñesas.
En ellos se observa todavía una fuerte influencia del estilo de su maestro Roberti, junto a un creciente interés por la antigüedad clásica.
Con el tiempo Costa aceptó cierta influencia en su estilo de pintores toscanos y umbríos tales como Filippino Lippi y Perugino, como se puede observar en obras como su Virgen entronizada con santos, realizada para la familia Ghedini en la iglesia de San Giovanni in Monte (1497).
En 1499 está documentado su retorno a Ferrara para realizar las decoraciones del coro de la catedral.
Aquí también acometerá grandes proyectos como la decoración del Palazzo di San Sebastiano (1507-1512, destruido en el siglo XVII) junto a Francesco Bonsignori.