Más polémica es la relación entre las diferentes lenguas cushitas y su lugar exacto dentro del afroasiático.
En su lugar, proponen que las diferentes ramas cuchitas tienen orígenes independientes y sólo son una agrupación tipológica dentro del afroasiático.
[2] El proyecto de comparación sistemática ASJP[3] que clasifica las lenguas sobre la base el parecido léxico conlleva el siguiente árbol cladístico:
Dullay Cushítico meridional Se divide en los siguientes subgrupos de acuerdo con Joseph Greenberg, revisada por Harold Fleming y otros autores: Robert Hetzron ha sugerido que las lenguas cushitas meridionales son un subgrupo de las orientales.
Dichas similitudes se debe sin duda a préstamos léxicos entre estos grupos de lenguas.