En 1892 comenzó a estudiar pintura en la Real Academia de Bellas Artes en Róterdam.
Los vivos colores de las obras presentes en esta exposición colectiva —en la que se expusieron obras de Matisse y Derain entre otros— darían origen al nombre con que se conoció al grupo: fovistas; por un tiempo formó asimismo parte del movimiento expresionista alemán Die Brücke.
Estuvo casado con Augusta Pretinger, con quien tuvo un hijo que vivió dos días.
Kees van Dongen después vivió durante unos diez años con la directora de arte neerlandesa Leah Jacob.
En 1934 inició una relación con la francesa Marie-Claire Huguen, con quien tuvo un hijo llamado Jean-Marie (1940).