Inició su carrera futbolística en las divisiones menores de Cobreloa y, posteriormente, debutó en la categoría adulta 'loína'.
Su debut profesional ocurrió en la cuarta fecha del campeonato, cuando sustituyó al atacante Felipe Flores en un partido que acabaría con triunfo por 2:1 de Cobreloa sobre La Serena.
Su primer partido como titular fue el duelo contra Melipilla, correspondiente a la duodécima fecha, que terminó con victoria de los Zorros por 5:1.
Su actuación en el cuadro carabelero lleva a que en 2011 fiche por Palestino, de la Primera División.
Su rendimiento en el cuadro árabe lo lleva a ser nominado al seleccionado Nacional Sub-25 de Chile.
Al minuto 88, fue reemplazado por Francisco Castro y el público presente en el Estadio Nacional coreó su nombre.
Hizo su debut con el club en la primera ronda de DFB-Pokal en un 4-0 victoria sobre Carl Zeiss Jena.
Siete días más tarde, hizo su debut en la Bundesliga, entrando como sustituto en la derrota 2-1 contra Eintracht Frankfurt.
Volvió al Dínamo y marcó 2 goles contra el campeón defensor de la liga Rijeka.
Fernandes ha jugado en total diecinueve partidos por la selección chilena y no ha anotado goles.
Luego jugaría ante Polonia en Poznań, Polonia el 8 de junio, donde Fernandes jugó nuevamente un buen partido, y en el minuto 19, anotaría un gol que fue anulado por offside, pero luego Chile tras ir cayendo por 0-2 empataría el encuentro 2-2 con goles de Diego Valdés y Miiko Albornoz.
En medio de críticas, volvió a ser convocado por Reinaldo Rueda para los amistosos ante Costa Rica y Honduras en noviembre del mismo año.
Chile iba ganando 4-0, y Junior hizo un par de buenas jugadas en donde en una casi anota el criticado jugador.
Ante Colombia en cuartos de final, Chile empató 0-0 y pasó a semifinales ganando 5-4 en penales.
Pese a aquello, Chile perdió por 2-1 y no impidió que fuese de los más resistidos por los hinchas chilenos.
Fernandes logró debutar en la clasificación para Brasil 2014, participando el 11 de septiembre en la derrota por 1-3 frente a Colombia.
El 12 de octubre, Fernandes disputó algunos minutos en el partido contra Ecuador válido por las Clasificatorias, donde nuevamente la selección fue derrotada por 3-1.