Una vez casada, tuvo una vida itinerante, residiendo en el castillo-palacio de Escalona, señorío del condestable, y en otros lugares siguiendo la vida cortesana de su marido, y así su segundo hijo nació en Madrid, siendo los reyes sus padrinos.Tan fuerte se hicieron en la fortaleza, que el rey, viendo que no conseguía apoderarse de los tesoros allí acumulados, propuso a la condesa una capitulación donde Juana demostró saber defender sus derechos y los de su hijo y consiguió conservar lo que había llevado como dote a su boda, incluyendo Arenas de San Pedro y su Castillo.La condesa Juana entregó estas villas a Beltrán de la Cueva.El enfado del rey fue tan grande, que la condenó a ella y a su hijo Juan de Luna a muerte, pero luego, por intercesión de los grandes de Castilla, le perdonó y donó Arenas para ella y sus herederos.Recibió sepultura junto a su esposo en la capilla, en los sepulcros situados en el centro de la misma.
