Semanas después dispone Felipe II enviar a Juan de Austria, su medio hermano, a dirigir la guerra contra los moros sublevados.
Casi todos los capitanes recibieron heridas, el conde de Miranda fue herido de un arcabuzazo y de un flechazo en la misma parte del muslo, temiendo se le amputase la pierna, lo que no fue necesario.
[9][10] Juan viajó con su tío Luis, comendador mayor de Castilla, a Italia, donde militó a su mando por tierra y mar en las guerras de la Santa Liga.
Cargo que desempeñó hasta 1582, cuando fue nombrado virrey y capitán general del principado de Cataluña.
Durante su gobierno tuvo que hacer defender las costas del principado contra los ataques de la armada turca.
[5] En esa época su tío Juan de Zúñiga y Requeséns, fue virrey de Nápoles hasta 1582, luego presidente del Consejo de Estado del rey Felipe II, y desde 1583 ayo y preceptor del infante Felipe III.
Durante su gobierno purgó el reino de Nápoles de bandidos criminales, que estaban organizados y protegidos por personas poderosas y por la plebe.
Tuvo que afrentarse a las invasiones de los turcos.
[14] La diputación de Nápoles en reconocimiento a su labor destacada, y por la justicia, milicia y hacienda real que gozaron durante los nueve años de su gobierno, le regaló dos fuentes de oro, que llevaban grabado su escudo de armas y el lema COMES A MIRANDA ADMIRANDVS COMES.
El conde de Miranda agradecido, a su salida para España hizo alto en Gaeta, y entregó las fuentes a un familiar suyo, para que la devolviera este valioso regalo a la diputación.
La misión de la junta era revisar las consultas, cartas, informes, etc. enviadas al rey y ofrecer al rey y a su valido soluciones a los negocios de la monarquía.
Los otros dos consejeros fueron Fray Jerónimo Xavierre, confesor del rey Felipe III y Juan de Idiáquez, Comendador Mayor de León.
Juan de Zúñiga Avellaneda y Bazán otorgó su testamento en 1605 en Valladolid.
[15][40] Su esposa María de Zúñiga Avellaneda y Pacheco, VI condesa de Miranda del Castañar, testó en 1628 y falleció en 1630.