El rey Felipe II le nombró virrey de Cataluña en 1586.
Durante su mandato surgieron varios conflictos con las autoridades catalanas.
Además, por primera vez, los bandoleros mandados por el llamado Minyó de Montellà se apoderaron del dinero que el rey enviaba a Génova para pagar sus tropas.
En 1590 regresó a la Corte lleno de dolencias, y especialmente afectado por gota.
Sin embargo, sus graves dolencias no le permitieron consumar el matrimonio, falleciendo al año siguiente, a los 37 años de edad.