Al llegar a Buenos Aires en el año 1700 como provincial, su estricta exigencia de disciplina le granjeó conflictos con algunos frailes lo que derivó finalmente en su relevo.El comisario canónigo Jorge Antonio Meléndez de Figueroa después recabar los antecedentes del caso escribió a los inquisidores que todos los testigos unánimemente confirmaban los dichos.Arregui interpuso sus buenos oficios a los efectos de alcanzar una solución a la revuelta, pero pronto tomó decidido partido por los comuneros lo que le granjeó la enemistad del obispo Palos.La mayor parte de los hombres del gobernador desertaron por lo que Ruiloba con unos pocos oficiales fue alcanzado y muerto al siguiente día.Según un cronista de la época murió "sin camisa, ni sábanas, sobre una cama sin colchón"'.Cubrió la vacante como provisor el canónigo Bernardino Verdún y Villaysán hasta junio de 1741 en que tomó posesión fray José Antonio de Peralta Barrionuevo y Rocha Benavídez.
