Allí las élites coloniales de españoles nativos y criollos propietarios, se resguardaron en sus instituciones vecinales, los cabildos, para combatir las iniciativas de Fernández Campero y sus aliados.
El gobernador llevó a cabo expediciones punitivas al interior del Gran Chaco en 1764, las cuales no tuvieron el resultado que esperaba, puesto que los aborígenes, mejores conocedores del terreno, con mayor movilidad, mayor resistencia a la fatiga y a las privaciones, se ocultaban rápidamente al paso de las tropas o se confederaban para presentar batalla, cuando la ocasión y el lugar se presentaban propicios.
Para solventar esta avanzada militar ordenó el cobro del impuesto "ramo de sisa" tanto para eclesiásticos como para seculares.
Esta medida provocó que la Compañía de Jesús alegara privilegios especiales otorgados por la corona, para no pagar dicho impuesto, a lo que Fernández Campero respondió desconociendo las exenciones.
La influencia de los jesuitas se hizo patente para frenar la medida, pues acudieron al virrey del Perú, quien desautorizó al gobernador y revocó el cobro del impuesto a los jesuitas.
Hubo muchos cuestionamientos a este gobernador, especialmente por varias acusaciones de robo y defraudación de dineros públicos destinados a las cajas reales, generando otro incidente entre Fernández Campero y los Cabildos.
El Cabildo de Córdoba se reunió desafiando la autoridad del gobernador y levantó la primera denuncia sobre el cobro del ramo de sisa.
Zamalloa decidió detener a Fernández Campero, mientras éste se encontraba en la frontera del Chaco salteño inspeccionando la línea de fuertes.
Sin embargo, este triunfo de Fernández Campero no significó que el virrey del Perú confirmara todo lo actuado, ya que sus medidas, fundadas en el reformismo borbónico, habían provocado un grave estado de sedición en la región del Tucumán y en sus ciudades principales.
En este cargo siguió teniendo fuertes enfrentamientos con el nuevo gobernador.
Sin embargo declaró que su actuación había sido conforme a lo dictado por la corona y que su administración de los bienes incautados había sido honesta, desmontando de este modo, los rumores arrojados sobre su honor y su honra.
[2] Por estas razones, los Ugarte poseían preeminencia social en Cusco, generando resistencias entre la elite criolla por su carácter de mestizos, y afines a la nobleza indígena cusqueña.