Matorras asumió el gobierno en 1769 y como primera medida se dedicó a investigar las irregularidades que se cometieron con los bienes confiscados a los jesuitas tras su expulsión y el paradero de los mismos en las Temporalidades.

Gobernó la provincia con celo, saneando la percepción de tributos para la real hacienda, reglamentó la sisa y puso orden en la administración.

Existían catorce fuertes y ocho reducciones que había hecho mantener.

En 1769 el rey Carlos III le solicitó al gobernador un informe sobre el estado de las reducciones y Matorras, tras efectuar un recorrido, le contestó haciéndole saber: Dicha situación lo atribuyó al gobernador anterior.

Esta acción provocó una orden real, con fecha 30 de junio de 1770, la cual ordenaba suspenderlo, remitirlo preso a Lima y someterlo a un proceso judicial.

Matorras puso el mejor empeño para reducirlo al cristianismo.

En julio de 1774 estableció la paz con 7000 indígenas y Matorras se comprometió a fundarles reducciones.