Entre otras cosas, la educación del príncipe fue atendida por Georg Marius, quien trabajó con Juan de manera reformista y, por lo tanto, fue despedido por el padre luterano de Juan.

[1]​ Mientras que en la división de las propiedades, su hermano mayor, Felipe Luis, recibió el Ducado del Palatinado-Neoburgo,[1]​ Juan recibió el Palatinado-Zweibrücken, que había agobiado considerablemente a su padre.

[1]​ A partir del año 1593 se instaló Johann Hugenotten en Annweiler.

Juan, quien sufría de una discapacidad y cojeaba toda su vida, cuidó mucho a la administración estatal.

La política exterior acercó a Juan al Palatinado[1]​ y su hijo Juan II estaba evitando a su primo Wolfgang Guillermo del Palatinado-Neoburgo en la voluntad del testamento de Federico IV del Palatinado fue nombrado regente, lo que llevó a la ruptura final de las ya discutidas en las ramas de la familia Palatinado-Zweibrücken y Palatinado-Weilburg.