Fue el último hijo del rey Gustavo Vasa y de su segunda esposa, Margarita Eriksdotter.

Sin embargo, no podría hacer valer sus derechos durante el reinado de su hermano, Erico XIV.

Precisamente gracias a sus habilidades militares participaría exitosamente en 1568, en el levantamiento en contra de Erico XIV, encabezado por su hermano, Juan.

Cuando el rey Juan III se acercó al catolicismo, Carlos fue de los más fuertes opositores.

La cuestión religiosa, como en tiempos del antiguo rey, sería abordada nuevamente, esta vez con mayor interés, pues Segismundo era un ferviente católico partidario de la contrarreforma y se temía la posibilidad de que intentara regresar a Suecia a la autoridad papal.

Segismundo, a su llegada, prometió ante el consejo la libertad religiosa en Suecia y bajo esta promesa fue coronado en Upsala en 1594.

Algunos miembros de la aristocracia no apoyaron al duque Carlos; este, en represalia, les declaró la guerra.

En esa misma ocasión, Carlos fue investido con la dignidad real y sus hijos reconocidos como los herederos más próximos en la línea sucesoria.

Como rey, Carlos IX instauró un rígido Estado absolutista fundado en la fortaleza que su persona había adquirido tras la guerra civil y la eliminación de sus adversarios.

Pudo controlar al parlamento, cuyos miembros le habían brindado apoyo contra el derrocado rey Segismundo.

Carlos IX incursionó en esa región y logró adueñarse de gran parte del territorio.

El comandante del ejército sueco era Jacobo de la Gardie, quien penetró profundamente en territorio ruso.