Era el último vástago del duque Guillermo V el Rico y de la archiduquesa austriaca María de Habsburgo, hija del emperador Fernando I y Ana Jagellón de Hungría y Bohemia, hija del rey Vladislao II de Bohemia y Hungría.
Juan Guillermo se casó por primera vez en 1585 con Jacoba de Baden († 1597), hija del margrave Filiberto de Baden-Baden.
Estuvo sujeto a una enfermedad mental, por lo que fue tratado por el médico Francesco Maria Guazzo.
En última instancia, el elector Juan Segismundo I de Brandeburgo recibió Cléveris y Mark y el conde palatino y duque Wolfgang Guillermo recibió Jülich y Berg, después de que las tierras habían sido pisoteadas por militares en varias ocasiones y hubieran perdido gran parte de la riqueza legendaria tan famosa en el tiempo del duque Juan Guillermo.
Entre sus funcionarios judiciales y empleados estuvo el compositor Konrad Hagius.