En 1555 tomó parte en las negociaciones que dieron como resultado la paz de Augsburgo.
El emperador Maximiliano II, sin embargo, le dijo que no lo hiciera y Filiberto estuvo de acuerdo.
En 1566, Filiberto sirvió en el ejército imperial, combatiendo al sultán Solimán I.
Según su amigo, Heinrich von Stein, abandonó el campo de batalla vivo y fue entonces perseguido por los hugonotes a un castillo en la frontera con España, donde lo atraparon y lo mataron.
Dejó un hijo de diez años educado como católico, que lo sucedió como margrave, Felipe II.