En 1609, a la muerte del tío materno de su esposa, el duque Juan Guillermo de Jülich, Cléveris, Ravensberg Mark y Berg, sin descendencia, Juan Segismundo reclamó dichos territorios, debido a que su suegra María Leonor de Cléveris era primogénita al igual que su esposa Ana de Prusia, que no tuvo un hermano varón.

Dichos territorios también los reclamaban el duque Felipe Luis del Palatinado-Neoburgo (cuñado del duque fallecido) y el emperador Rodolfo II de Habsburgo.

El problema quedó solucionado con el emperador, pues este renunció a la pretensión dejando el litigio a los otros dos pretendientes, que se ensarzaron en una guerra sucesoria (1609-1614).

En 1613 abjuró del luteranismo y se convirtió con su familia al calvinismo.

Este hecho marcó un punto de tensión entre sus súbditos, que a la larga causó conflictos.