En los territorios paraguayos, Alvar y sus hombres exploran el curso del río Paraguay y consiguen algunos resultados positivos al someter a varias tribus indígenas; descubren también las Cataratas del Iguazú, pero la intransigencia disciplinaria, o el enfoque colonizador de Alvar Núñez, lo hará enfrentarse con los colonos españoles que ya se habían establecido en el territorio.

Pero su subalterno Domingo Martínez de Irala, conspiraba contra él, porque Alvar, en vez de dedicarse a perder el tiempo buscando tesoros doradistas, sus loables esfuerzos los orientaba a estudiar las posibilidades colonizadoras y productoras del territorio.

En 1559 regresaba a los territorios por donde había pasado durante el trazado del camino ganadero.

En 1561, García de Carvajal formaba parte de la expedición que salía de Mérida para detener la amenaza del tirano Lope de Aguirre, que desde que había llegado a territorio venezolano desde el Perú se dedicaba a cometer abusos y a eliminar los que no se prestaban a sus caprichosas decisiones, y ahora atrincherado en Barquisimeto, pretendía llegar por tierra al Perú procediendo alocada y criminalmente.

Pleito que terminó felizmente en 1578 cuando, de común acuerdo, deciden repartirse la tierra.