Hermano del pintor Fernando García Ponce (1933-1987).

Fue un miembro destacado de la llamada «Generación de Medio Siglo», también conocida como «Generación de la Ruptura» o «de la Casa del Lago», a la que pertenecieron también Carlos Fuentes, José de la Colina, Salvador Elizondo, Inés Arredondo, Amparo Dávila, Guadalupe Dueñas, Emilio Carballido, Rosario Castellanos, Elena Poniatowska, y Sergio Pitol.

Su narrativa se caracteriza por ambientes y personajes en los que destaca el erotismo.

Tradujo al español a los siguientes autores: Además promovió en nuestro idioma a autores como Robert Musil, Heimito von Doderer, Julien Gracq, Pierre Klossowski, Georges Bataille y Georg Trakl, a los que dedicó ensayos.

En 2007 la revista Nexos realizó una encuesta entre diversos escritores y críticos literarios para elegir a las mejores novelas de los últimos 30 años en México, quedando en tercer lugar la novela Crónica de la intervención de Juan García Ponce.