Marchó junto a su padre al Nuevo Mundo y llegó hacia el año 1534 junto al gobernador de Nicaragua Rodrigo de Contreras; luego pasó a Guatemala.
Cuando Francisco Pizarro pidió refuerzos a Guatemala para pacificar a los incas, el capitán Juan Gómez y su padre Alvar Gómez partieron desde Guatemala con el capitán Diego de Rojas y otros caballeros y se presentaron en la ciudad de los Reyes (Lima, Perú) el año de 1537.
Posteriormente este los recompensó por sus servicios en las batallas dando al capitán Juan Gómez una encomienda de cientos de indios en la ciudad de San Juan de la Frontera que se pobló en el pueblo de Guamanga (Huamanga) que fue fundada y poblada por 22 españoles; allí estuvo residiendo y manteniéndola en paz junto a su padre Álvar Gómez, ya que los indios de esa comarca se levantaban en guerra con frecuencia.
El maese e hijodalgo Álvar Gómez de Almagro falleció al caer enfermo durante el largo y penoso camino, en la región desértica de Tarapacá, al norte de Chile, donde fue enterrado.
Estuvieron en guerra con los indios naturales de esas tierras para conquistarlas.