Su madre, Juan Ernesto y sus hermanos mayores tuvieron que huir de Gotha.
Más tarde, su tío Juan Guillermo de Sajonia-Weimar perdió el favor imperial.
La duquesa Isabel se trasladó a Austria, donde viviría en las proximidades de su esposo, aún prisionero imperial.
Con sólo seis años, Juan Ernesto fue separado de sus padres para siempre y confiada su educación a personas extrañas.
Así, Sajonia-Eisenach, por primera vez en la historia, tenía su propia unidad política independiente dentro del Sacro Imperio Romano Germánico.
En 1598 Juan Ernesto creó para su ducado su propio Landesregierung (Gobierno estatal federal) y un Konsistorium.
Por este motivo, Juan Ernesto heredó Sajonia-Coburgo, y hasta su propia muerte gobernó ambos países en una unión personal, pero manteniendo, sin embargo, su residencia en Eisenach.