Durante las décadas siguientes, Carrera es influenciado por ideas liberales, conceptos que lo motivan a unirse a la Sociedad de la Igualdad, grupo revolucionario donde conoce, entre muchas personalidades de la época, a Benjamín Vicuña Mackenna, con quien cultiva una estrecha amistad.
Una vez vencida la causa de la revolución, Carrera se vio forzado a huir al Perú.
Regresó a Chile en 1859 para liderar guerrillas en contra del Presidente Manuel Montt.
Vencida la revolución de forma simultánea en Cerro Grande, Maipón y Pichinguao, se decretó sentencia de muerte contra Carrera, por lo que éste se exilió a Lima, lugar donde murió en 1860 debido a una enfermedad hepática.
Durante su vida, ayudó a Benjamín Vicuña Mackenna con su obra El ostracismo de los Carrera, donde narra los últimos años de los hermanos Carrera.