Emprendió su primer viaje a América pocos años más tarde cuando estuvo en Puerto Rico, Cuba y las Bahamas.Primero se las ve con los piratas; lo apresaron los ingleses en el navío Santa Inés tras una refriega en la que detuvieron su rumbo a Filipinas y estuvo cautivo un año en Irlanda, tras lo cual le dejaron volver.Dejan atrás América y ponen rumbo al Pacífico, navegando por la Polinesia, las Islas Marianas, las Filipinas, Macao, Mindanao, Nueva Guinea, las Nuevas Hébridas, Nueva Zelanda, Australia y el archipiélago de los Amigos hasta el puerto de Callao, luego navega José de Bustamente con la corbeta Atrevida hasta las Islas Malvinas y de allí a las Islas Aurora, descubriendo la que llamaron Isla Nueva, siendo la navegación por el océano antártico muy arriesgada al tener que evitar cientos de témpanos de hielo, luego de vuelta a Montevideo donde estaba la corbeta Descubierta retornaron a Cádiz dando escolta militar a un numeroso y valiosísimo convoy, lo que fue agradecido por la Corona, ya que entonces España estaba en guerra contra Francia.Vista la inferioridad de su flotilla y herido, el Brigadier Bustamante rindió las otras tres fragatas que resistían, que fueron apresadas y transportadas al puerto de Gosport en Inglaterra.Una vez liberado, se sometió a un consejo de guerra en España, que le absolvió.En 1808 abandonó Madrid por no querer prestar juramento al rey intruso José Bonaparte y huyó disfrazado de fraile a Sevilla, donde se puso al orden de la Junta Suprema Central que le ascendió a Teniente General.En un documento de 1813, dirigido al gobierno peninsular y "muy reservado" aconsejó: "...Abrir las fuentes de riquezas públicas para desterrar la miseria que dispone a los que la sufren a revoluciones en que esperan variar su suerte; multiplicar el número de propietarios para aumentar el de verdaderos ciudadanos (...) Proteger liberalmente a los indios, clase la más numerosa y recomendable, al mismo tiempo que por su sencillez es la más expuesta a ser seducida".Y a la hora de recomendar las medidas concretas más urgentes para impedir que en Guatemala se desarrollaran los planes de subversión contra la Corona, Bustamante recomendó mucha drasticidad, reforzar las milicias, pero también: ":...que se repartiesen en pequeñas suertes a los mulatos e indios honrados que no fuesen propietarios, las tierras que se pudiesen conceder sin perjuicio de tercero, proporcionándoles caudales del fondo de comunidades para los primeros gastos de cultivo".
