Es difícil encontrar el origen histórico del pueblo, pero por lo menos en el siglo XVI se conoce ya este núcleo rural como Fontaneda, (lugar de fuentes).

[1]​ Aunque en los siglos anteriores parece considerarse un barrio del vecino pueblo de Alceda, actualmente Ontaneda ha superado en habitantes y superficie a la localidad contigua, y se ha convertido en el centro comarcal del valle de Toranzo.

En Ontaneda se halla un manantial de aguas termales sulfurosas que ya fueron conocidas por los romanos.

Pocos años después añadió a este un segundo edificio de dos pisos como hospedería.

El balneario será desmantelado entre 1930 y 1952, permaneciendo solo el edificio del Gran Hotel hasta el día de hoy.