Pese a cesó como secretario general del Sindicato Petrolero en 1963, mantuvo en la práctica el control sobre la jefatura sindical a través de fieles seguidores suyos como Salvador Barragán Camacho.
[6] Las causas reales para la persecución de Hernández Galicia se encuentran, según varios observadores, en que se oponía a las políticas de privatización del gobierno, calificado de neoliberal, pero sobre todo que en las elecciones presidenciales de 1988 los distritos electorales habitados por trabajadores petroleros mostraron numerosos votos por el candidato opositor Cuauhtémoc Cárdenas, lo cual implicaba "deslealtad" de Hernández hacia el PRI o "ineficacia" en proteger los intereses del régimen que le amparaba.
Se alegó también que Hernández Galicia había patrocinado la publicación de un libro titulado ¿Un asesino en palacio?
La Quina, Barragán y otros 30 líderes gremiales petroleros fueron encarcelados y destituidos de todos sus cargos en el sindicato petrolero, desplazados por un nuevo liderazgo esta vez encabezado por el profesor Sebastián Guzmán Cabrera para ser ocupada la jefatura cuatro años después por Carlos Romero Deschamps.
Hernández Galicia fue amnistiado en 1997, durante el gobierno de Ernesto Zedillo.