[9][10] Dirigió el equipo en una situación caracterizada por unos recursos financieros escasos basada en el trabajo de las categorías inferiores del club; cuando llegó, el equipo andaluz estaba en Segunda División y lo dejó situado en la élite del fútbol español.
Durante esta etapa sentó las bases de un equipo que más tarde lograría importantes éxitos, consolidándose bajo sus órdenes jugadores como Jesús Navas, José Antonio Reyes, Sergio Ramos, Daniel Alves o Júlio Baptista, entre otros.
[12] Sin clasificarse para competiciones europeas en la primera temporada y con el equipo gallego en una situación económica comprometida con una plantilla con jugadores jóvenes, en la que en 2007 el descenso fue una seria amenaza, el entrenador abandonó el club por su cuenta y abrió el camino para su sucesor.
[13] Durante la etapa deportivista se consiguieron los objetivos, aunque el buen juego brilló por su ausencia.
En su segunda temporada, el equipo bilbaíno se clasificó para la final de la Copa del Rey, que acabó perdiendo frente al F. C. Barcelona por 1-4.
El dueño y presidente del Neuchâtel Xamax bajó al vestuario con su guardaespaldas donde se encontraba todo el equipo junto con el entrenador, y teniendo en cuenta que tanto el dueño como su guardaespaldas iban armados, se vivieron momentos muy desconcertantes por parte de los allí presentes.
[23] A pesar de que se especuló con un posible regreso al Sevilla F. C., finalmente renovó su contrato con la entidad mallorquinista para la temporada 2012-13.
[26] Con este modesto equipo logró la permanencia al terminar en la décima plaza en Liga,[27] pero no llegó a un acuerdo con el club para renovar su contrato.
[29] Pese a que el equipo nazarí comenzó la Liga con buen pie, con 8 puntos en los 4 primeros partidos, luego entró en una mala racha de 14 jornadas sin ganar que lo llevaron a puestos de descenso.
[34] Dejó al club en sexta posición con un total de 4 victorias y 2 empates en 11 partidos disputados.
[35] Logró 10 puntos de 12 posibles que situaron al equipo en 7.ª posición al término del campeonato, y posteriormente, se convirtió en el nuevo director deportivo de la entidad.