Esta especie fue descrita originalmente en el año 2019 por los ictiólogos Gastón Aguilera, Guillermo Enrique Terán, Juan Marcos Mirande, Felipe Alonso, Sina Rometsch, Axel Meyer y Julian Torres-Dowdall.
[1] En la descripción se adjuntaron paratipos, todos ellos fueron colectados junto al holotipo; 19 ejemplares fueron catalogados como: CI-FML 7287, los cuales midieron de 20,4 a 32,8 mm de longitud estándar y fueron depositados en la misma colección que el holotipo.
[1] Etimológicamente, el término genérico Jenynsia rinde honor al apellido del naturalista inglés Leonard Jenyns.
Mediante un análisis filogenético, donde se cotejaron tanto caracteres morfológicos como moleculares, se determinó que es la especie hermana de J. alternimaculata, la cual vive en ambientes próximos, pero sin sulfuro, aunque directamente conectados a los manantiales sulfúricos.
Este biotopo es alimentado por corrientes termales que corren a través de terrenoss blanquecinos, con elevados contenidos minerales.