Actualmente, forma parte del Consejo de Comunidades Asturianas.
Proviene de una familia fuertemente vinculada a la izquierda desde la guerra civil española.
[1] En 1985 se afilia al Partido Socialista Obrero Español en Gijón.
El PSOE gana las elecciones autonómicas de 1999 y es investido presidente del Principado Vicente Álvarez Areces que confía a Javier Fernández la consejería de Industria, Comercio y Turismo; dejando éste su escaño en el Congreso.
En las elecciones autonómicas de 2007 ocupa el segundo puesto en la lista de la FSA a la Junta General del Principado, justo detrás del presidente Vicente Álvarez Areces.
Es investido presidente Francisco Álvarez-Cascos y Javier Fernández es el líder de la oposición.
En esta ocasión, el PSOE gana en votos y en escaños, obteniendo 17 de los 45 que componen la cámara durante la IX legislatura (2012-2015).