Más tarde se trasladó al teatro multimedia Laterna Magika, donde renovó su asociación con Radok.
Esta experiencia en el mundo del teatro se ve reflejada en su primera película, El último truco estrenada en 1964.
Se ha inspirado en las obras de autores literarios como Edgar Allan Poe, Lewis Carroll y la leyenda germánica del Doctor Fausto.
Estuvo casado con Eva Švankmajerová, pintora surrealista, ceramista y escritora mundialmente conocida, que falleció en octubre de 2005.
La exposición recogía la obra de Švankmajer y exponía objetos exóticos, esotéricos, collages biológicos o piezas erótico-grotescas muy extravagantes.