Hijo de un zapatero, estudió en Corpus Christi College, Cambridge, y obtuvo su bachillerato en Artes en 1584.

Acabados sus estudios, Marlowe se desplazó a Londres, donde residió los seis años que le restaban de vida.

Amigo del poeta Thomas Watson, con el que compartió casa durante algún tiempo, se vio involucrado en un caso de homicidio, probablemente un duelo, a resultas del cual acabó muerto el hijo de un mesonero enemistado con Watson.

En aquel tiempo compartía casa con Thomas Kyd, autor, entre otras obras, del éxito Tragedia española, y cuando este fue detenido por sospecha de traición le encontraron unos escritos comprometedores en relación con la religión.

Por estas acusaciones, se presume que pronto sería detenido para su interrogatorio como presunto traidor.

Los cuatro pasaron todo el día en la posada, sin apenas salir del aposento.

Marlowe consiguió triunfar en los escenarios londinenses por primera vez con la obra Tamerlán el grande, la historia del conquistador Timur en 1587.

Dido, reina de Cartago parece haber sido una obra temprana, posiblemente escrita con Thomas Nashe.

Esto ocurrió como consecuencia de las medidas represivas del arzobispo John Whitgift contra lo que consideró material ofensivo.

Estos indicios han permitido especular sobre una prolongada dedicación de Marlowe al espionaje.

Según estas segundas acusaciones, Marlowe habría proferido blasfemias del tipo: "Cristo era un bastardo y su madre una ramera" o que mantenía relaciones carnales con María Magdalena, y habría manifestado diversas interpretaciones heréticas sobre la Biblia.

Este incidente pudo tratarse de un duelo, algo frecuente en aquella época.

Se ha especulado además sobre, al menos, otro incidente: una pelea que le habría producido una cojera.

Marlowe aparece en la película de 1998 Shakespeare in Love, interpretado por Rupert Everett.

En una escena, Marlowe se refiere a Shakespeare como un “zombi analfabeto y filisteo”.