Las más importantes son: Se trata de ecosistemas terrestres autóctonos muy singulares que se han conservado bastante bien gracias a su aislamiento, y, en algunos casos, a su uso militar.Conservan comunidades singulares de especies iberoafricanas, como el oroval (Withania frutescens), el cornical (Periploca angustifolia), el chumberillo (Caralluma europaea), el arto (Maytenus senegalensis), el taray (Tamarix boveanaenegalensis), que crecen junto a palmitos (Chamaerops humilis) y cambrones (Lycium intricatum) y algunas especies endémicas en peligro crítico de extinción como la manzanilla de Escombreras (Anthemis chrysantha).[1] En cuanto a la fauna destacan especialmente las colonias de aves marinas entre las que se encuentran el Paiño europeo en las islas Hormigas, la Cueva de lobos y la isla de las Palomas, donde también se puede encontrar a la pardela cenicienta (Calonectris diomedea), el cormorán moñudo (Phalacrocorax aristotelis) y la Gaviota de Audouin en la isla Grosa.[3] Esta protección ha mostrado su eficacia ya que se puede realizar buceo y actividades educativas, pero no pesca submarina ni otras actuaciones similares.En esta isla se encuentra la tercera colonia más grande del mundo de esta gaviota, catalogada como globalmente amenazada (SPEC1) por el Species of European Conservation Concern, y es por lo tanto, de conservación prioritaria en Europa.
La Isla Grosa (San Javier) es un cono volcánico extinguido de enorme valor natural.
