La landgravina Eduviges Sofía promovió el matrimonio de Isabel Enriqueta con Federico, Príncipe Elector de Brandeburgo, su primo, por motivos familiares.
Este matrimonio se decidió en oposición a un matrimonio entre Federico con una hermana del emperador Leopoldo I de Habsburgo.
Cuando este plan fracasó la propuesta de casarse con Isabel Enriqueta fue restablecida.
En abril de 1678, Eduviges Sofía e Isabel Enriqueta viajaron a Berlín, pero Isabel Enriqueta tuvo que esperar un año en el ralacio Real de Berlín por su matrimonio, mientras que Federico estaba lejos firmando el Tratado de Nimega.
El matrimonio, sin embargo, resultó ser un matrimonio por amor - la joven pareja vivió en el castillo de Köpenick y tuvo una hija llamada Luisa Dorotea (1680-1705).