Dado que su padre había renunciado a sus títulos italianos al contraer matrimonio con la princesa de Asturias, sus hijos (tanto Isabel Alfonsa como sus hermanos) nunca fueron oficialmente príncipes de las Dos Sicilias, un reino que además había desaparecido tras la unificación italiana en 1861.

Fue apadrinada por su tío Alfonso XIII y su tía abuela, la infanta Isabel.

[3]​ Un año después, su hermano Fernando fallecía prematuramente en San Sebastián.

La pareja tuvo un hijo y tres hijas, entre las cuales se contaba a María de las Mercedes, abuela del actual rey de España.

[10]​ Inicialmente, Isabel Alfonsa y su marido residieron en Checoslovaquia,[11]​ pero en 1945 se instalaron en la localidad sevillana de Valencina de la Concepción, donde el matrimonio se dedicó a las explotaciones agrícolas.