Fue secretario del gobernador de Jalisco Pedro Ogazón (su primo hermano), participó con los liberales durante la Guerra de Reforma; al terminar el conflicto armado se le nombró coronel del batallón Hidalgo.
En 1862 fue elegido diputado federal, pero rechazó la curul, ya que consideró no haber obtenido una votación mayoritaria.
Vallarta acompañó a Benito Juárez en su recorrido en defensa de la República durante la Segunda Intervención Francesa en México.
Muchos consideraron que su administración como gobernador fue fructífera, a pesar del problema surgido con la Revolución de La Noria, el cual produjo disturbios en el estado y frenó el desarrollo normal de las actividades gubernamentales.
En 1878, logró el restablecimiento de relaciones diplomáticas entre Estados Unidos y México.