Más adelante, en el Colegio de San Gregorio comenzó sus estudios en derecho.

Allí fue reconocido como uno de los alumnos más distinguidos y estrechó amistad con Sebastián Lerdo de Tejada, entre otros colegas que posteriormente cobraron gran relevancia en la esfera política nacional.

Por esta razón, Manuel Romero Rubio e Ignacio Mariscal –entre otros estudiantes–, se convirtieron en los principales organizadores del Club Político el Águila, que surgió a manera de protesta, y al que se adhirieron varios personajes que posteriormente ocuparon altos puestos en la política mexicana.

Dos meses después declinó el cargo y volvió a la capital para servir como secretario de la Suprema Corte de Justicia y, más tarde, como asesor del coronel Agustín Alcerreca, gobernador del Distrito Federal.

En julio de ese año Manuel Romero Rubio fue encarcelado brevemente en la capital y posteriormente huyó desterrado a Tula, Tamaulipas.

González Ortega cuestionó la prolongación desmedida del mandato de Juárez.

En efecto, el periodo presidencial de este último caducó durante el conflicto (en noviembre de 1865), y legalmente le habría correspondido a González Ortega, como Vicepresidente, ocupar el cargo en ese momento, al ser imposible organizar elecciones durante la guerra.

Sin embargo, Juárez se negó a entregar el poder, aduciendo la misma razón.

Aunque este desacuerdo llevó a González Ortega a abandonar el país ese mismo año, Manuel Romero Rubio mantuvo su apoyo al régimen de Juárez, en lugar de rebelarse contra la cabeza visible del Estado mexicano durante el conflicto contra Maximiliano de Habsburgo.

[2]​[3]​ La popularidad de Lerdo de Tejada menguó no solo ante figuras como Romero Rubio, sino ante otros agentes políticos que lo criticaron duramente por no escuchar ni respetar las ideas ajenas.

[1]​ La presencia de Manuel Romero Rubio en el país sirvió para reunir las distintas voces del partido liberal, y crear un acuerdo de paz que diera estabilidad al nuevo gobierno, que incluyó entre sus filas no solo a Romero Rubio sino a muchas otras personalidades ex lerdistas.

Con esta impresionante maniobra, Romero Rubio logró transformar el ambiente político –que no favorecía originalmente a Díaz–, y consolidarlo ante la opinión pública como la única figura capaz de continuar el proyecto progresista y de mantener la estabilidad del país.