Existió una primitiva iglesia románica de San Nicolás en el entorno del Puente Mayor (actual plaza de San Nicolás) mandada construir por el conde Pedro Ansúrez.
Esta comunidad monástica comenzó a usar para sus cultos la iglesia de San Nicolás.
La construcción del templo que hoy en día lleva la advocación de San Nicolás se había iniciado ya en 1732 y en 1764 se estaba edificando al lado el convento de los trinitarios descalzos.
Ambas naves están separadas por pilares con arcos de medio punto.
No cuenta con nave de la epístola ni con una capilla que se encontraba en este lado del crucero, pues ambas fueron derruidas.