[1] La organización también hace referencia al mito de la Hidra en su lema que dice «si se corta una cabeza, dos más tomarán su lugar», proclamando su capacidad para reagruparse tras la derrota y volverse más poderosa frente a la resistencia de sus enemigos.
Originalmente es una organización nazi dirigida por Red Skull durante la Segunda Guerra Mundial, el Barón Wolfgang von Strucker la convierte en un sindicato del crimen internacional neonazi, una vez que tomó el control.
En un principio era comandada por el ejecutivo Arnold Brown, quien fue asesinado por la agencia S.H.I.E.L.D., Hydra pronto regresaría, esta vez, a cargo del Barón Wolfgang von Strucker, con el apoyo del nazi Red Skull.
[5] Sin embargo, después de la primera vez que muere von Strucker, Hydra se dividió en facciones (como A.I.M., Imperio Secreto, Them, etc.) y cada una adoptó su propio modus operandi reorganizado.
Según los archivos descubiertos por Nick Fury, Hydra se divide en cuatro sectores independientes: Nick Fury teorizó que sus éxitos anteriores contra Hydra fueron una farsa para hacerle creer que estaba avanzando contra el grupo o que se trataba de una manipulación por parte de Hydra para eliminar cualquier posible competencia o posibles suborganizaciones deshonestas.
[11][12] Red Skull convenció a su ahora consciente Cubo Cósmico, Kobik, de cooperar con S.H.I.E.L.D.
[13] Sin embargo, Red Skull no se dio cuenta de que la Hydra que él estaba construyendo y la Hydra de la que Kobik había creado falsos recuerdos eran dos cosas diferentes, ahora el Capitán América de Hydra desobedece a Red Skull y planea algo más.
La historia de Hydra como se describe en la continuidad del Universo Marvel es larga, tumultuosa e intrincada, abarcando milenios, y se remonta a la tercera dinastía de Egipto, con todas las referencias al antiguo grupo desapareciendo alrededor del Renacimiento.
[5] La Isla Hydra original fue invadida por Leatherneck Raiders y el Escuadrón Samurai Japonés, quienes la destruyeron.
[14] Strucker luego dirigió lentamente el objetivo de la organización hacia la dominación mundial.
Varias de estas facciones desarrollaron «superagentes» que ocasionalmente se separarían para convertirse en operativos independientes, o, en algunos casos más raros, en superhéroes como la primera Spider-Woman.
Durante esta era, la amenaza colectiva de Hydra fue mitigada no solo ocasionalmente en luchas internas, sino también por su propia política operativa de castigar el fracaso con la muerte, la cual provocó que los agentes se mataran entre sí más a menudo que sus pretendidas víctimas.
A pesar de la reorganización del grupo, varias facciones de Hydra independientes continuaron operando alrededor del Universo Marvel, y más tarde se produciría una guerra civil en Hydra.
Spider-Woman rechazó su oferta, destruyendo en una explosión la base Hydra a la que la habían llevado.
Su «ersatz coup d'état» vale la pena, y Hardball es nombrado como el nuevo líder supremo de la organización, rompiendo todos los vínculos con su vida anterior.
[24] Kobik le regresa al Capitán América sus verdaderos recuerdos intactos, y con el antiguo Hydra Supremo Steve Rogers derrotado, el reinado de Hydra sobre los Estados Unidos llega a su fin, con grandes bajas entre las que destacan Rick Jones, Phil Coulson y Black Widow, quienes fueron asesinados.
Aparecen por primera vez en Super-Soldier #1 y están liderados por Lex Luthor (más tarde conocido como Green Skull).
Otra versión alternativa de Hydra aparece en Exilios #91-94, donde están en marcha con su plan para dominar el mundo.
[29] En el título Ultimate más reciente, Hydra ha sido descrita como una organización «antigubernamental» (aunque su filosofía política es deliberadamente vaga).
UU.) y Spider-Man es atacado por la Mujer Gigante (hasta ser detenida por su «ataque de veneno»).
[31] Nick Fury más tarde se hizo pasar por Escorpio y se infiltró en Hydra encontrándose con Abigail Brand, un soldado de Hydra que captura y trae a Fury al Comandante Crimson.