transformándola en la Isla Hydra ante la aparición de la Araña Escarlata para ayudar a los héroes arácnidos.
Al reunirse con Nick Fury, Doctor Extraño y Madame Web, Spider-Man viaja de nuevo al multiverso, con Chico Arácnido para buscar los fragmentos del Sitio Peligroso que al ser destruido, se dividió en fragmentos estando en otras dimensiones y conocen a otras arañas nuevas, pero se enfrentarán a una versión malvada de Spider-Man llamado Wolf Spider de un mundo paralelo diferente, que desea unir los fragmentos en sus planes de conquistar el multiverso.
Spider-Man descubre un laboratorio de HYDRA con Mary Jane (ahora que supo su identidad como Peter), al ser atacados por un clon de él mismo llamado Kaine, cuando algo surge, Mary Jane se convierte en Spider-Woman para luchar con Spider-Man, y encuentran a Araña Escarlata que sigue con vida y lo ayudan a buscar respuestas de su pasado al encontrar al Doctor Octopus.
En la isla HYDRA estando bajo el mar, encuentran otras creaciones de Ock llamados Spider-Slayers, controlados por Zola, luego al saber que Araña Escarlata es un sintezoide con el ADN de Spider-Man con los Spider-Slayers al ser su líder.
Al graduarse de la academia S.H.I.E.L.D., viendo que el Agente Venom y Araña Escarlata, son ahora los nuevos maestros de la academia S.H.I.E.L.D., ya es ahora el Ultimate Spider-Man.