En total fueron seis los hospitales edificados en Cusco (y zonas periféricas) durante el virreinato.
El hospital se ubicaba en el terreno que da al lado suroeste de la Plaza San Francisco y que en 1549 sería expropiado para su entrega a la Orden Franciscana[2].
La expropiación marcó el fin del hospital de San Lázaro[3].
En 1553, estando el hospital en estado ruinoso, se acordó vender el inmueble[4] y desde 1557 funcionaba al oeste de la Plaza San Francisco.
Fue reconstruido en 1688 por impulso del Obispo Manuel de Mollinedo y Angulo.
El hospital tomó el nombre de San Andrés por haberse inaugurado el día de dicho santo y así tomó nombre también la calle en la que se levantó.