Sirvió como hospital para los pobladores indígenas de la zona y se ubicó en el solar donde actualmente se levantan la Iglesia de San Pedro en el cruce de las Calles Cascaparo y Hospital y la Estación San Pedro.

Dejó de funcionar a inicios del siglo XIX.

Para ello, el Cabildo del Cuzco instruyó a algunos vecinos que localizasen una ubicación sana para la construcción de un hospital de naturales que albergara a los indios o naturales del Cusco.

Su construcción requirió grandes esfuerzos y recibió apoyo del Virrey Andrés Hurtado de Mendoza, Marqués de Cañete, quien donó en favor del hospital el producto de la venta de las casa confiscadas a Gonzalo Pizarro.

El hospital dejó de funcionar a inicios del siglo XIX[6]​, tras las convulsiones provocadas por los guerras de independencia hispanoamericanas.