Ahí se levantó un pequeño templo por orden de fray Pedro Portugués[4]​.

que fue dado a Hernando Pizarro cuando se entregaron los solares de la recién fundada ciudad y en donde venía funcionando el Hospital de San Lázaro[6]​.

No se sabe quién fue el arquitecto que diseñó el edificio.

En su interior destaca el coro alto tallado en cedro en 1652 por los frailes Luis Montes, Isidro Fernández Inca y Antonio de Paz.

En los sótanos de la edificación se encuentran las criptas que alojaron restos humanos por cuanto este templo también sirvió como cementerio.

El segundo fue utilizado - y aún se utiliza - como local del Colegio San Buenaventura (hoy Colegio San Francisco de Asís) y que brevemente alojó a mediados del siglo XIX al Colegio Educandas.