En el siglo XIX, durante la época republicana, el edificio fue utilizado como casa de moneda y posteriormente como colegio, función que cumple hasta la actualidad.

En 1557 el hospital ya funcionaba en su nueva ubicación al oeste de lo que hoy es la Plaza San Francisco.

[4]​ Los frailes hospitalarios Juan de Santa María y Luis de Santa María viajaron al Cusco y tomaron posesión del hospital tras autorización del Virrey Juan Mendoza Luna.

Durante esos primeros años se levantó, en la actual esquina de las calles Nueva Baja y Teatro, el local del hospital y su iglesia que se mantienen en pie hasta la actualidad.

Desde entonces, se entregó el local al Colegio Educandas, creado por Simón Bolívar, y que lo sigue ocupando hasta la actualidad.