Su nombre hace referencia al médico y científico español Severo Ochoa, premio Nobel de Medicina.
Junto con Móstoles, Alcalá de Henares y Getafe, formó parte en el proyecto para construir los primeros hospitales provinciales de Madrid, respondiendo así a la demanda vecinal y sus movilizaciones solicitando más recursos sanitarios en la localidad (hasta la fecha, todos los hospitales se encontraban concentrados en la ciudad de Madrid).
Hasta entonces sólo se habían realizado pequeñas obras en varios servicios.
El Hospital Universitario Severo Ochoa fue el centro médico donde tuvo lugar el Caso Leganés, en relación con las denuncias sobre presunta mala praxis en la administración de fármacos en sedaciones practicadas a enfermos terminales en 2004 y 2005[5] El hospital ganó 5.000 metros cuadrados y la reforma de otros 4.800.
En dicho edificio, en su planta baja, también incluye el archivo de historias clínicas, los vestuarios y el almacén general.
Desde 2020, se establecen rutas de colores para facilitar el acceso a las consultas.