Los enfrentamientos entre distintos pueblos con distintas religiones han sido históricamente descritos en términos religiosos por sus propios protagonistas o por la historiografía contemporánea que querían dejar memoria histórica de los que murieron en ellas a fin de enaltecerlos, como héroes o semidioses, o directamente dioses.
En Alemania, el enfrentamiento entre príncipes católicos y protestantes terminó en un conflicto militar abierto: la guerra de Esmalcalda; mientras que previamente habían estallado movimientos sociales como la guerra de los campesinos alemanes o los anabaptistas, perseguidos sangrientamente por ambos bandos, con la bendición expresa tanto del Papa como de Lutero.
En Francia, la no menos violenta Matanza de San Bartolomé (1572) se encuadra en una prolongada serie de guerras de religión, que es el nombre con el que particularmente se las conoce, en las que distintos grupos sociales se encuadran en bandos nobiliarios con opuestas pretensiones políticas, dinásticas y alianzas exteriores.
Las simultáneas guerras de los tres reinos en las islas británicas también tuvieron un componente religioso esencial.
La caída del comunismo y el auge del fundamentalismo islámico, así como el fundamentalismo cristiano en sus vertientes protestante (sobre todo en los llamados neocons de Estados Unidos) y católico, han reactivado de hecho el enfrentamiento religioso,[1] que ha sido interpretado por Samuel Huntington como choque de civilizaciones.